BRIN menginginkan kebun raya tidak hanya menjadi kawasan konservasi, tetapi juga menjadi pusat riset dan edukasi sains. BRIN telah menginisiasi perubahan Peraturan Presiden tentang Kebun Raya untuk mengupayakan agar kebun raya daerah tidak hanya menjadi kawasan konservasi ex-situ, tetapi juga pusat edukasi sains serta pembinaan usaha mikro, kecil, dan menengah (UMKM) berbasis teknologi.
Hingga saat ini, ada 45 kebun raya di Indonesia. Kebun raya yang pengelolaannya di bawah BRIN meliputi Kebun Raya Bogor, Kebun Raya Cibodas, Kebun Raya Purwodadi, Kebun Raya Eka Karya Bali, dan Kebun Raya Cibinong. Selain itu ada lima kebun raya yang dikelola oleh pemerintah provinsi, 32 kebun raya yang dikelola oleh pemerintah kabupaten/kota, serta tiga kebun raya yang dikelola oleh perguruan tinggi.