Tentang ajaran atau paham Panji Gumilang yang didoktrinkan di Ma'had Al Zaytun kepada anggota NII KW 9, menurut Al Chaidar bukanlahlah ajaran NII Kartosoewirjo. Menurutnya, Panji Gumilang menganut ajaran Isa Bugis yang juga menganggap bahwa paham Komunis, Nasakom, merupakan bagian dari ajaran Islam. Ajaran ini pun meyakini Karl Marx adalah rasul.
Oleh karena itu, menurut Al Chaidar tak mengherankan ketika Panji Gumilang mengklaim dirinya bermazhab Soekarno, dan mengaku diri sebagai komunis. Panji Gumilang juga mendoktrinkan kepada anggota tentang tidak wajibnya melaksanakan sholat lima waktu. Sebab yang utama adalah mengumpulkan dana.
Dalam paham Isa Bugis yang dianut Panji Gumilang, juga memiliki paham takfiri. Karena itu menganggap orang-orang di luar NII KW 9 adalah kafir yang harus diperangi dan diperbolehkan dirampas hartanya. Hingga akhirnya lambat laun, menurut Al Chaidar, NII KW 9 akan dapat memunculkan orang-orang yang radikal.
Al Chaidar menilai bahwa kesulitan dalam penindakan terhadap Al Zaytun dan Panji Gumilang adalah karena adanya kekuatan besar di tingkat elit pejabat yang melindungi. Di mana, para pejabat tersebut, kerap memperoleh dana dari Al Zaytun.
"Karena dilindungi oleh kekuatan-kekuatan intelijen. Kekuatan intelijen itu tidak institusional sifatnya. Tetapi lebih kepada bersifat personal. Jadi ada orang-orang tertentu yang merasa ini periuk nasi mereka, kalau diganggu, jadi mereka kan tidak korupsi dari Negara, mereka mengambilnya dari umat Islam itu," katanya.
Menurut Al Chaidar, ke depannya pemerintah dapat mengambil alih pengelolaan Al Zaytun dan melakukan pembinaan terhadap para santri, wali santri dan guru. Namun, menurutnya yang terpenting juga adalah menyeret Panji Gumilang ke pengadilan atas sejumlah kasus di antaranya penyerobotan tanah warga Indramayu, kasus pelecehan seksual karyawati Al Zaytun, hingga kasus pencucian uang dari dana yang dikumpulkan masyarakat.
"Penegakan hukum perlu dilakukan pemerintah, itu pun kalau mampu. Karena pasti jenderal-jenderal yang dibelakang Al Zaytun ini melakukan manuver-manuver karena mereka memiliki jejaring kuasa, pengaruh di berbagai lini. Yang sulit bagi pemerintah untuk bisa mengabaikan pengaruh-pengaruh kekuasaan itu," katanya.