Sementara dalam dakwaan kedua, Jero Wacik disebut menyalahgunakan kekuasaan dengan melakukan pemerasan terhadap bawahannya dengan maksud menguntungkan diri sendiri.
Jero Wacik kemudian meminta sekjen Kementerian ESDM saat itu, Waryono Karno untuk menaikkan DOM menteri ESDM dari Rp 1,44 miliar menjadi Rp 3,6 miliar per tahun seperti yang didapatkannya saat menjadi menbudpar.
Untuk menindaklanjutinya, Waryono kemudian mengumpulkan seluruh Kepala Biro dan Kepala Pusat di lingkungan Setjen ESDM.
Sebagai tindak lanjut dari pertemuan tersebut, masing-masing kepala biro dan kepala pusat mengumpulkan dana yang berasal dari kegiatan barang/jasa yang diperoleh dari membuat pertanggungjawaban fiktif atas kegiatan pengadaan. Selain itu juga memotong pencairan dana yang diajukan rekanan yang melakukan pekerjaan di Kementerian ESDM.
"Hasilnya ini dipergunakan untuk memenuhi permintaan uang dari terdakwa," ujar penuntut umum.
Atas perbuatannya, Jero didakwa Pasal 12 huruf e juncto Pasal 18 UU Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dengan UU Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Pasal 65 ayat 1 KUHP.
Sementara dalam dakwaan ketiga, Jero didakwa menerima gratifikasi atau hadiah terkait jabatannya sebagai menteri ESDM. Penuntut umum menyebut Jero menerima Rp 349 juta yang digunakan untuk biaya perayaan ulang tahun Jero pada 24 April 2012 di Hotel Dharmawangsa, Kebayoran Baru Jakarta Selatan.
Dalam dakwaan ketiga ini, Jero dijerat Pasal 11 UU Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dengan UU Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi.