Ketiga, pelanggaran terhadap Hak atas Rasa Aman sebagaimana dijamin dalam pasal 9 ayat (2), 29 ayat (1), 30 dan Pasal 31 ayat (1) dan (2) UU Nomor 39 tahun 1999 tentang HAM. Faktanya, peristiwa Tolikara tersebut telah mengakibatkan syiar ketakutan yang mengakibatkan hilangnya rasa aman warga negara, khususnya warga Muslim dan warga pendatang di Tolikara.
Kekhawatiran itu semakin massif terutama dengan kemungkinan akan terjadinya bentrokan susulan. Apalagi pasca kejadian, warga setempat sempat membuat tulisan dan simbol-simbol tertentu, salib, agar rumah atau kiosnya tidak dirusak/dibakar. Bupati Tolikara mengakui itu dan telah memerintahkan untuk menghapusnya beberapa saat setelah peristiwa.
Keempat, pelanggaran terhadap Hak atas Kepemilikan sebagaimana dijamin dalam Pasal 36 UU 39 tahun 1999 tentang HAM. Faktanya adanya pembakaran yang menyebabkan terbakarnya kios/sentra ekonomi warga, rumah ibadah Muslim, dan rumah warga/properti.